Veškeré nastavování a ovládání komponent systému MORSE se provádí pomocí programů, které RACOM zdarma dodává pro MS Windows a Linux. Programy komunikují přes sériový port nebo přes Ethernet buď přímo s připojeným zařízením nebo dálkově s kterýmkoliv zařízením v síti.
Pomocí ovládacích programů lze ve firmware mimo jiné nastavovat a diagnostikovat:
- u radiomodemů parametry rádiové části (frekvence, výkon…)
 - komunikační parametry (adresy, u radiomodemů parametry přístupu na rádiový kanál, modulace…)
 - uživatelská rozhraní (parametry sériových portů, Ethernetu a uživatelských protokolů…)
 - služby servisního charakteru (celkový stav zařízení, reálný čas, chybová hlášení, obsazení paměti…)
 - monitoring provozu na rádiovém kanále, sériových portech a Ethernetu
 - statistiky (informace o množství a velikosti vyslaných/přijatých paketů, množství opakovaných/ ztracených paketů na jednotlivých linkách, kvalitě slyšitelnosti ostatních stanic, rušení apod.)
 - testy umožňují diagnostiku kvality jednotlivých linek, měření chybovosti, časové odezvy, simulaci libovolného zatížení jednotlivých linek i celé sítě apod.
 - lze uložit a nahrát soubor s kompletní konfigurací zařízení
 - proti neoprávněné manipulaci lze firmware v zařízení zamykat v několika úrovních