Čas v MORSE CU se objevuje ve více podobách:
- GMT — v tomto tvaru jsou záznamy v CU ukládány a předávány 
- Lokální čas — čas GMT upravený o časové pásmo CU a o letní čas 
- Čas operátora — čas GMT upravený o časové pásmo PC 
- Čas PC — čas PC včetně časového pásma a letního času PC 
- Uptime — počet sec od startu CU 
Jednotlivé časy se vyskytují v těchto menu:
- GMT - (s)ervice (s)tatus 
- (E)vent log 
- v protokolech jako Mars-A, Modbus, IEC, MAS 
 
- Lokální čas - (s)ervice (s)tatus 
- (s)ervice (t)ime 
- v protokolech jako Mars-A, Modbus, IEC, MAS 
 
- Čas operátora - d(i)ag (M)onitoring 
- d(i)ag stat (l)ogs 
 
- Čas PC - start Setru 
- Alt+P, společně s parametry Setru 
 
- Uptime - (s)ervice (s)tatus 
- (s)ervice (t)ime (s)econds 
- d(i)ag (t)ests stat. (t)est 
 
Základní orientaci v čase poskytuje menu (s)ervice unit (s)tatus, které mimo dalších údajů obsahuje lokální čas, uptime, GMT a záznam o posledním zápisu času do CU:
local time:2007-11-21 07:53:12 LOC; uptime:4944 sec day time:2007-11-21 06:53:12 GMT; log write at:86400 last update:2007-11-21 06:44:23 GMT
V době platnosti letního času je zde poznámka „daylight savings“:
local time:2007-05-01 08:00:53 LOC/daylight savings; uptime:5405 sec day time:2007-05-01 06:00:53 GMT; log write at:86400
Přehled časů a jejich uplatnění:

Zápis lokálního času LOC provedeme v menu (s)ervice (t)ime.
Time: (d)ay time (s)econds set (n)ew time dat(e) set ne(w) date
Nový lokální čas vložený povely „stw“ a „std“ je opraven podle dále uvedeného vztahu o DI(F)F a DST a takto získaný čas GMT je pak udržován ve vnitřních hodinách CU.
Pokud zde vložíme datum, které mění údaj roku, pak je nutno provést restart CU (sgB) nebo v menu „Ue“ provést (I)nit a (S)ync nebo vyčkat půlnoci, kdy se rok aktualizuje automaticky.
GMT a lokální čas jsou vázány vztahem:
GMT + DI(F)F + DST = LOC
| GMT | světový čas udržovaný v hodinách CU | 
| DI(F)F | posun podle zeměpisného pásma, např. pro střední Evropu 3600 s | 
| DST | posun o 1 hodinu v období letního času (daylight savings) | 
| LOC | lokální čas nastavený v menu (s)ervice (t)ime | 
Hodnoty DI(F)F a DST se ovládají z menu (U)nit (e)dit, které obsahuje mimo jiné:
Time (Z)one for DST:EU Time zone DI(F)F:3600sec Summer time (all to zero - off): start (1)month:3 (2)day:30 end (3)month:10 (4)day:26
V tomto menu volbou (Z)one (E)U zapneme automatické použití letního času DST včetně každoročního automatického nastavení správného data počátku a konce DST. V tomto případě je položka „obsolete(<605) Time (z)one“ neplatná.
Naopak volbou (Z)one (N)ONE přejdeme do manuálního režimu, kde volbou položek (1), (2), (3), (4) zvolíme pevné datum počátku a konce DST. Pokud zde vložíme nuly, je zapínání letního času vyřazeno.
Příklad přechodu na letní čas.
Vložíme čas obsahující například rok 2004:
stw01.01.2004
V menu „Ue“ nastavíme automatickou volbu data pro letní čas (EU), lokální časový posun 3600sec a provedeme Init a Sync:
Ue Enter Time (Z)one for DST:EU Time zone DI(F)F:3600sec I Enter S Enter
Pak v menu „Ue“ můžeme číst data počátku a konce letního času:
Time (Z)one for DST:EU Time zone DI(F)F:3600sec Summer time (all to zero - off): start (1)month:3 (2)day:28 end (3)month:10 (4)day:31
Vložíme datum a čas těsně před koncem platnosti zimního času:
stw28.03.2004 stn01:59:00
Nyní opakovaným voláním menu „ss“ sledujeme přechod na letní čas:
local time:2004-03-28 01:59:08 LOC; secs from cold start:19396 day time:2004-03-28 00:59:08 GMT; log write at:105469 local time:2004-03-28 01:59:58 LOC; secs from cold start:19446 day time:2004-03-28 00:59:58 GMT; log write at:105469 local time:2004-03-28 03:00:02 LOC/daylight savings; secs from cold day time:2004-03-28 01:00:02 GMT; log write at:105469
Přechod nastal v 01:00:00 GMT, kdy se rozdíl mezi lokálním časem a GMT zvětšil o 1 hodinu.
Pokud bychom chtěli sledovat podobně přechod z letního na zimní čas, museli bychom nastavit datum 31.10.2004, lokální čas 01:59:00 a vyčkat 61 minut, až lokální čas dosáhne 03:00:00 (to je 01:00:00 GMT). Pak se lokální čas vrátí na 02:00:01 (to je 01:00:01 GMT).
Zdrojem přesného času může být:
- přijímač časových značek DCF 
- přijímač systému GPS 
- sw WALRUS běžící na linuxovém počítači 
- uživatelské protokoly MARS-A, MODBUS, MAS, IEC 870-5-2(L&G) a další 
- čas lze vložit i manuálně z menu (s)ervice (t)ime 
Synchronizace času mezi sousedními CU je možno nastavit v menu „Ue“:
Time sync: (i)n:1 Sr(c):690F5501 (p)eriod:3600 (O)ut:0 ds(t):00000000 p(e)riod:0
Údaj o čase je možno periodicky přebírat od sousední CU (1.řádek) nebo předávat na jinou CU (2.řádek). První způsob umožňuje synchronizovat více stanic z jednoho zdroje.
Službu provádí nód určený volbou (i)n nebo
      (O)ut, časový údaj je vyžádán od CU Sr(c) nebo
      odesílán na CU ds(t), synchronizace se opakuje
      s periodou (p)eriod nebo p(e)riod.
      Zápisem periody (v sekundách) se příslušný režim aktivuje.
Zdrojovou nebo cílovou adresu je nutno volit jako přímo dostupnou adresu, tedy bez retranslace. Přesnost synchronizace je v jednotkách milisekund.
Při synchronizaci se předává čas GMT, v synchronizované CU se
      pak odvodí lokální čas podle menu Ue.
Minutový impuls je signál generovaný CU každou celou minutu po
      dobu 1 sekundy. Signál je generován pouze v případě, že v menu
      Communication unit je zapnuta funkce (M)INP:ON
Communication unit: service (d)est:00000000 (N):0 (U)cc limit:130 * 0.1V (h)yst.:2 * 0.1V (s)tatus:0000 (P)SWD:OFF (L)OGW:OFF (M)INP:ON
Impuls se generuje na následujících pinech:
| typ modemu | název pinu | číslo pinu | port | SW | 
| MR25X do HW verze 11 | RxC | 35 | SCC2 | od verze 630 | 
| MR25XS do HW verze 11 | RxC + CD | 35 + 13 | SCC2 | od verze 630 | 
| MR25X HW verze 12 a vyšší | CD | 13 | SCC2 | od verze 630 | 
| MR400 a MR900, konektor Cannon | CD | 1(RS232) | SCC0 | od verze 714 | 
Poznámka – minutový impuls generován pouze v celou minutu. Pokud dojde ke změně času v CU, bude první prodleva mezi impulsy zkrácena či natažena úměrně ke změně času, například:
- aktuální čas v CU: 10:00:30 
- od začátku posledního minutového impulsu uběhlo 30 sekund 
- čas v CU je změněn na: 11:11:10 
- do začátku nového impulsu zbývá 50 sekund 
- v takovém případě bude prodleva mezi impulsy 50+30 = 80 sekund